Describió por vez primera, entre otros, al Itzcuintlipotzotli, una extraña y misteriosa criatura canina salvaje.
Fue elegido por Felipe II para dirigir una expedición científica a América centrada especialmente en el territorio de Nueva España: Comisión de Francisco Hernández a Nueva España.
Hernández dispuso de 60000 ducados para organizar el viaje.
En enero de 1570, el rey le nombra protomédico general de nuestras Indias, islas y tierra firme del mar Océano.
Hernández describió 230 especies de aves pero la falta de ilustraciones, que se perdieron, hace su identificación muy difícil. Hernández citó de forma sistemática los nombres en náhuatl a partir de los cuales es posible clasificar las aves.
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