Ingresó en el coro de la catedral de Sevilla y allí recibió su primera formación musical, de mano de su hermano Pedro y del poeta y maestro de capilla Pedro Fernández de Castilleja.
También recibió instrucción, en 1545-46, de Cristóbal de Morales en la catedral de Toledo.
En 1546, a los 17 años, fue nombrado maestro de capilla de la catedral de Jaén
Por deudas contraídas en la edición y publicación de sus obras, en agosto de 1591 se dicta un auto de prisión contra él, y conoce la cárcel Real de Sevilla. El cabildo sevillano, en atención a los servicios prestados por Guerrero, accede a pagar sus deudas con lo que se le permite abandonar la cárcel. Fue contratado de nuevo para el coro de la catedral de Sevilla, donde terminó sus días, como maestro de capilla, cuando la peste de 1599 acabó con su vida. Su tumba se halla en la Capilla de Nuestra Señora de la Antigua, junto a la de su compañero el organista Francisco de Peraza.
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