500 DUDAS

¿Está bien puntuada la frase Tu amigo Pedro, ha venido? 

No, no está bien puntuada.
Tu amigo Pedro puede ser el sujeto de la oración, en cuyo caso no debemos separarlo mediante una coma de ha venido, que es el predicado.
Otra opción es que Pedro sea un vocativo, y en ese caso la frase correcta sería la siguiente: Tu amigo, Pedro, ha venido.
Los vocativos son sustantivos o pronombres que sirven para llamar la atención de nuestro interlocutor: en este ejemplo estamos anunciándole a Pedro que un amigo suyo ha venido.
Los vocativos siempre tienen que ir rodeados por dos comas, o bien por una sola coma si se sitúan al comienzo o final de la frase: